SAR елемент.

SAR (Scaffold Association Regions) були спочатку виявлені за допомогою процедури, розробленої для виявлення існуючих у клітці взаємодій ДНК з ядерним матриксом [Mirkovich ea 1984]. Відповідно до цієї процедури ізольовані ядра екстрагували слабким іонним детергентом LIS (дііодосалнцілат літію). Передбачалося, що аналогічно екстракції 2 М розчином хлориду натрію, така екстракція дозволяє солюбілізіровать гістони, не руйнуючи ділянок прикріплення ДНК до матриксу. Після солюбілізації гістонів ДНК обробляли рестріктазамі і поділяли на прикріплену до матриксу і відщеплюється фракції допомогою диференціального центрифугування, подібно до того, як це робили в дослідах по виділенню прилеглої до матриксу ДНК після сольової екстракції ядер. Фрагменти ДНК, виділені в складі матриксу, і було запропоновано називати SAR. На жаль, автори не провели контрольних експериментів, що дозволяють стверджувати, що екстракція ядер LIS не призводить до втрати топологічно замкнутих доменів ДНК (наприклад, не було вивчено вплив інтеркалірующіх в ДНК агентів на седиментаційних властивості екстрагованих ядер). Більш того, комплекси SAR-елементів з ядерним матриксом не були стійкі до повторної обробки LIS. У зв’язку з цим найбільш ймовірним є припущення про те, що дані комплекси утворюються de novo в процесі обробки екстрагованих LIS ядер рестріктазамі. Екстракція ядер LIS, мабуть, руйнує всі предсуществующие в ядрі специфічні взаємодії ДНК з ядерним матриксом. Значна частина ядерної ДНК при цьому все одно коседіментірует разом із залишковими ядерними структурами, в силу чого протяжні фрагменти ДНК залишаються “заплутаними” в сітці білків ядерного матриксу. Як було показано, обробка ядер LIS не руйнує ділянок зв’язування MAR-елементів. Зрозуміло, що в ході обробки нуклеазами екстрагованих LIS ядер ці ділянки можуть зв’язувати присутні у складі ДНК MAR-елементи. Фрагменти ДНК, що не містять MAR-елементів, гратимуть при цьому роль неспецифічного конкурента.

Comments are closed.