Матрикс ядерний: взаємодія з ДНК, методи дослідження.

Ядерний матрикс був вперше виділений Berezney and Coffey в 1974 році з печінки пацюки, а слідом за цим з багатьох інших об’єктів. Існує дві основні групи методів, що дозволяють виділяти ядерний матрикс і досліджувати його взаємодію з ДНК, тобто досліджувати зв’язки між функціональною будовою геному і петлевий організацією хроматину.
Перша група методів заснована на дії на ізольоване ядро ​​неіонних детергентів і буфера з високою іонною силою. ДНК, не пов’язану з матриксом, відокремлюють шляхом багаторазових промивань розчином з високою концентрацією солі (Berezney R. and Coffey DS, 1974).
Друга група методів грунтується на дії 3,5-дійодосаліцілата літію (LIS) як хаотропного агента і детергент а без застосування високосолевого буфера (Mirkovitch J. ea, 1984).
Незважаючи на те, що екстракція висококонцентрованими сольовими розчинами є традиційним методом ізоляції ядерного матриксу, багато дослідників піддають його критиці через наявність різних артефактів. Таких, наприклад, як перебудова ядерного матеріалу в процесі екстракції, осадження транскрипційних комплексів і т.д. (Razin S.V. and Vassetzky Y.S., 1992).
Було розроблено ряд інших процедур, що дозволяють досліджувати взаємодію ДНК з ядерним (хромосомним) скелетом. З них метод LIS-екстракції набув найбільшого поширення (Razin SV and Vassetzky YS, 1992, Mirkovitch J. ea, 1984).
Необхідно додати, що відділення асоційованої з ядерним матриксом ДНК здійснюється шляхом багаторазових промивок рестріктним буфером, і для фрагментації ДНК часто застосовуються ферменти рестрикції. Даний метод володіє тим перевагою, що взаємодії, що спостерігаються таким чином, не обов’язково повинні бути стійкі до дії високої іонної сили. Зв’язуються з нуклеоскелетом фрагменти ДНК утворюють в цьому випадку деякий набір послідовностей, що виявляють специфічну взаємодію з ізольованим ядерним матриксом (причому він може бути ізольований і методом високосолевой екстракції) (Mirkovitch J. ea, 1984; Gasser SM, Laemmli UK, 1986). Також на специфічну взаємодію з матриксом in vitro може бути перевірений будь набір фрагментів клонованої геномної ДНК (Gasser SM, Laemmli UK, 1986).
Основне питання, що виникає у зв’язку з використанням зв’язування з матриксом in vitro полягає в тому, чи існують сайти зв’язування матриксу з ДНК такого типу в ядрі до екстракції, або вони утворюються de novo в плині екстракції ядер і їх обробки нуклеазами.

Comments are closed.